对受益人的作用：为其提供了一种有效的风险保障机制。在交易或项目中，受益人往往面临着申请人不履行义务的风险，保函的存在使得受益人在申请人违约时能够通过向担保人索赔来获得经济上的补偿，从而保障其合法权益。

对申请人的作用：有助于其顺利参与各类经济活动。在许多交易中，对方可能要求提供担保以降低风险，申请人通过提供保函，可以满足对方的要求，增强自身在交易中的信用度，从而更容易获得合同、订单等商业机会。

合同约定：预付款保函是为保障基础交易合同中预付款的而设立的，合同双方可根据交易的具体安排和需求，在合同中约定预付款保函的期限。比如在大型设备采购合同中，双方可根据设备生产周期、运输时间等因素，协商确定预付款保函的期限。

从风险保障角度看

预付款保函的核心作用是保障预付款的，确保在申请人未能按照合同约定使用预付款或履行相应义务时，受益人能够得到补偿。即使预付款已经使用完毕，但在项目执行过程中可能还存在其他与预付款相关的潜在风险，如因申请人原因导致项目中途停滞、质量不达标等情况，可能需要用预付款进行弥补或扣除相应款项，所以保函期限超过预付款使用期限能为受益人提供更的风险保障。